Contrairement à une croyance populaire, Nantua ne doit pas son existence à l'abbaye construite au VIIe siècle dans la vallée du lac : le saint édifice, élevé, dit-on, par saint Amand, a (certes) favorisé l'épanouissement de la ville et attiré une population en quête de paix et de sécurité, mais il ne l'a pas créée. « La position de Nantua, sur les bords d'un lac magnifique, au milieu d'une gorge couverte de sapins séculaires, environnée de montagnes à pics et à configurations bizarres, a dû fixer l'attention de nos pères. » Et ce bien avant l'ère chrétienne.
Première activité florissante : la pêche. Ensuite, « les maisons se groupant peu à peu nécessitèrent l'érection d'une chapelle, quand le bourg fut converti au christianisme. » Plus tard, après la fondation du monastère, les destinées de la ville et de l'abbaye sont étroitement liées et leurs histoires se confondent. Par une bulle de l'an 1100, le pape Pascal II fait défense aux religieux d'élire à l'avenir un abbé ; le monastère perd son titre d'abbaye, désormais ce sont des prieurs qui dirigent la communauté. Les ecclésiastiques et les Nantuatiens ne perdent pas au change. Ainsi Ilio, le second prieur, n'augmente pas seulement les richesses de la collectivité ; il les soustrait, ainsi que la ville de Nantua, à l'empiètement féodal et il les place sous la protection du roi de France, Louis le Gros. Dès le XIIe siècle, on crée des syndics et des conseillers municipaux. « A mesure que l'histoire des prieurs se décolore, celle de la ville de Nantua grandit. La cité domine le couvent. » La vie communale prend réellement son essor au XVIe siècle.
Pendant la Révolution, l'église paroissiale Saint-Michel de Nantua est détruite. On supprime tout culte. Douze ans plus tard, les pratiques religieuses sont rétablies. Une digue est construite sur la rivière de Merloz. La même année, une école secondaire est créée. Le 3 janvier 1814, des hussards impériaux hongrois entrent dans la ville. Des combats ont lieu. Dix jours plus tard, la ville est occupée par l'ennemi. Le 11 mars 1817, un tremblement de terre secoue la ville. On le ressent aussi en Suisse et en Allemagne. En 1819, les Soeurs de Saint-Charles fondent un établissement à Nantua. C'est, à nouveau, la vie au long cours.