Dès les premiers mois de 1793, la déportation des prêtres s'organise afin de les envoyer en Guyane ou à Madagascar. Or, aucun navire n'est en état et les côtes sont assiégées par la marine anglaise. Les prêtres réfractaires sont reclus dans l'entrepont de navires à Rochefort : les Deux-Associés et le Bonhomme Richard abritant alors les galeux et les syphilitiques.
Chaque matin, la désinfection de ces pontons d'à peine 1 mètre 70 de haut est un supplice : on jette des boulets chauffés dans un tonneau de goudron, d'où émane alors une fumée jaunâtre et épaisse qui étouffe les prêtres. La nourriture, rare et infecte, jointe à l'insalubrité des lieux et à la vermine qui ronge les corps, engendrent en 1794 une épidémie de typhus sur la Cabane carrée, et les Deux-Associés : 11 confesseurs meurent en mai, 25 en juin. Deux chaloupes-hôpital sont ancrées près des pontons : la vision de ces malades à même le sol dans leurs déjections, couverts de plaies, geignant de fièvre, est dantesque. En juillet, 100 prêtres succombent.
Le 13 juillet 1794, un comité de Salubrité descend les premières marches d'un ponton, et repoussé par l'odeur infecte hurle : « Ce n'est pas ainsi que l'on traite des hommes !... Si, le soir, on mettait 400 chiens dans cet endroit-là, ils seraient tous crevés le lendemain ou ils seraient devenus enragés !... » On transfère les prêtres sur l'Indien, et les malades à l'Ile Madame, rebaptisée Ile Citoyenne. Les cadavres ne sont plus jetés à la mer : on les enterre sur l'Ile d'Aix, puis sur l'Ile Madame.
En août 1794, le constat est horrible : sur le Washington, sur 265 déportés, 20 sont morts et 36 malades ; sur les Deux-Associés, 245 sont morts sur 497. En octobre, il reste 201 malades, et 161valides ; fin septembre, 538 sont morts, 64 autres en novembre.
A partir du 12 novembre 1794, les prêtres peuvent recevoir du courrier, et lire leur bréviaire à haute voix. Le capitaine des Deux-Associés, véritables bourreau, tente d'obtenir des survivants des certificats le dédouanant des cruautés qu'ils ont endurées.
Les 20 et 22 décembre, trois navires venus de Bordeaux abordent, chargés de 630 prêtres. Mais la Charente gèle, et 237 prêtres sont envoyés à Saintes, accueillis par la population comme de véritables héros. Le 21 février suivant, la liberté de culte est rétablie. Le 16 avril, tous les prêtres sont libérés. C'est la fin du voyage au bout de l'horreur.